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Epidemiología de COVID-2019


- ProMED-mail. Actualización de la situación en el recurso de referencia. ¿A que está bien? No olvides que su funcionamiento depende de tu donación (ráscate un poco el bolsillo aquí)

- Mapa Mundi #2019-nCoV a tiempo real (Cortesía de la Johns Hopkins University)

- Epidemiological research priorities for public health control of the ongoing global novel coronavirus (2019-nCoV) outbreak (Eurosurveillance 11-Feb-2020). Buena revisión sobre los aspectos epidemiológicos más relevantes de SARS-CoV2.



Recuento de COVID-2010 a nivel mundial a 13-Feb-2020, el día del “gran salto” en el recuento de casos, relacionado con el cambio en la definición de caso en la provincia de Hubei..

Nota: El gran aumento del número de casos observados el 13 de febrero respecto a los días previos puede deberse a cambios en los criterios diagnósticos, fundamentalmente la utilización de diagnóstico clínico-radiológico ante la limitación de la capacidad diagnóstica en Hubei (ver aquí).

EPIDEMIOLOGÍA COMPARADA COVID2019 (tabla resumen)


Tabla resumen de la epidemiología comparada de COVID2019 con otras infecciones respiratorias. Cortesía de @jrarribas. Actualizada a 21-Feb-2020


 

DINÁMICA DE TRANSMISIÓN DE SARS-CoV-2

Secondary attack rate and superspreading events for SARS-CoV-2 (The Lancet. 28-Feb-2020) Interesantes reflexiones sobre dos conceptos interrelacionados: R0 (promedio de casos secundarios generados por cada caso) y la tasa de ataque secundaria (proporción de individuos susceptibles expuestos, que se acaban infectando). Los autores sugieren tras revisar  que la tasa de ataque secundario (TAS) es del 35%.

Preliminary Case Report on the SARS-CoV-2 Cluster in the UK, France, and Spain (Preprints. 27-Feb-2020) Descripción del acúmulo de casos que se inician en un trabajador británico que contrae COVID-19 en una convención y que acaba transmitiéndolo a 21 personas.
Cadena de transmisión

Ejemplo de cadena de transmisión de CPVID-19 (Singapur-Francia-RU-España)

Transmissibility of 2019-nCoV (Imperial College London. Versión actualizada. Publicación original 31-Jan-2020)

Nowcasting and forecasting the potential domestic and international spread of the 2019-nCoV outbreak originating in Wuhan, China: a modelling study (The Lancet. 31-Jan 2020). En el trabajo más completo hasta la fecha, a través de la modelización de los datos disponibles se estima que (a fecha de 28/01):
  • R0= 2.68 (IC95% 2·47–2·86)
  • Intervalo de duplicación de casos: 6.4 días (IC95% 5.8 a 7.1 días)
  • Decalaje resto de China con Wuhan: 1-2 semanas (retraso entre la situación epidemiológica en Wuhan y el resto de China)
Early Transmission Dynamics in Wuhan, China, of Novel Coronavirus–Infected Pneumonia (NEJM 20-Jan-20209). Análisis epidemiológico de 425 pacientes con infección por 2019-nCoV.
  • R0= 2.2 (IC95% 1.4–3·9)
  • Intervalo de duplicación de casos: 7.4 días
  • Período de incubación: 5.2 días (IC95% 4.1–7)
The role of absolute humidity on transmission rates of the COVID-19 outbreak (MedRxiv. Preprint. 17-Feb-2020). Estos investigadores consideran que los datos disponibles sugieren que la influencia de la meteorología en el control de la epidemia va a ser menor que para otros virus respiratorios. Hay que tener en cuenta que se trata de estimaciones y modelizaciones poblacionales de una precisión incierta.
 
Dispersion vs. Control (Preprint. Johns Hopkins School of Medicine. 14-Feb-2020) ¿Por qué SARS-CoV-2 parece transmitirse más en Hubei que en el resto de China y en el resto del mundo? Epidemiólogos de la Johns Hopkins aportan datos sugieren que el grueso de la transmisión depende de eventos de “supertransmisión”.
 
Analysis and projections of transmission dynamics of nCoV in Wuhan (Preprint de la LSHTM 07-Feb-2020). Con todas las limitaciones derivadas de las modelizaciones con tanta incertidumbre, estos investigadores de la London School of Hygiene and Tropical Medicine, consideran que el epidemia en Wuhan tendrá su pico a mediados-finales de febrero.

Herramienta interactiva para la simulación de escenarios epidemiológicos a través de modelizaciones basada en  Imai et al. (Imperial College) en  Li et al. (NEJM)

Poblaciones casos especiales
Niños
 
- A critical question in getting a handle on coronavirus: What role do kids play in spreading it? (STAT. 27-Feb-2020) SARS-CoV en los niños no produce COVID-19 grave. ¿Tiene peso importante en la transmisión de la infección? Infecciones paucisintomáticas o asintomáticas en los niños podrían tener un peso importante en la dinámica de transmisión lo que justificaría determinadas medidas. Argumentos a favor y en contra.
 
Embarazadas
 
- Clinical characteristics and intrauterine vertical transmission potential of COVID-19 infection in nine pregnant women: a retrospective review of medical records (The Lancet 12-Feb-2020). En una serie pequeña de casos no se ha observado transmisión vertical del SARSCoV2.
 
Pacientes asintomáticos
 
Potential Presymptomatic Transmission of SARS-CoV-2, Zhejiang Province, China, 2020 (EID 24-Feb-2020). Más evidencia de la importancia de la transmisión en período presintomático. Lo que se desconoce es qué proporción de las transmisiones tienen lugar en este contexto.

Presumed Asymptomatic Carrier Transmission of COVID-19 (JAMA Network 21-Feb-2020) Descripción del contexto clínico-epidemiológico de 6 personas infectadas por SARS-CoV-2 (uno de ellos asintomático) que también sugiere la posibilidad de transmisión durante el período preclínico.

- Evidence of SARS-CoV-2 Infection in Returning Travelers from Wuhan, China (NEJM. 18-Feb-2020). Descripción del manejo de los 126 alemanes repatriados de Wuhan. Aunque todos fueron negativos para SARS-CoV-2 a su llegada, 2/114 (1.8%) pacientes seguidos microbiológicamente resultaron positivos para SARS-CoV-2 durante el período de incubación.
 
- A familial cluster of infection associated with the 2019 novel coronavirus indicating potential person-to-person transmission during the incubation period (JID. 18-Feb-2020) Descripción de la transmisión de SARS-CoV-2 durante el período de incubación identificada en una familia en la que uno de los miembros, con problemas de movilidad, solo tuvo contacto con los integrantes de la familia. Parece que la transmisión en el período presintomático es posible pero seguimos desconociendo cómo de frecuente es.
 
- Transmission of 2019-nCoV Infection from an Asymptomatic Contact in Germany (NEJM 30-Jan-2020) Carta al editor describiendo los vínculos entre el caso índice y  los primeros casos de infección por 2019-nCoV diagnosticados en Alemania (ver abajo).

Representación de los vínculos epidemiológicos, cronología de la presentación clínica y de la PCR en los primeros casos de 2019-nCoV diagnosticados en Alemania. Via @nejm

- Parece, no obstante, que el caso anterior era menos asintomático de lo que parecía, abriendo un intenso debate sobre los inconvenientes y limitaciones de la rapidez en la gestión de la información en tiempo de epidemia.  Study claiming new coronavirus can be transmitted by people without symptoms was flawed (Science 03-Feb-2020)
 
- Importation and Human-to-Human Transmission of a Novel Coronavirus in Vietnam (NEJM 27-Jan-2020) Breve comentario describiendo el caso de infección secundaria de un varón vietnamita de 27 años.

Cruceros
- Estimation of the reproductive number of Novel Coronavirus (COVID-19) and the probable outbreak size on the Diamond Princess cruise ship: A data-driven analysis (International Journal of Infectious Diseases. 23-Feb-2020)

- Field Briefing: Diamond Princess COVID-19 Cases (Japan National Institute of Infectious Diseases. 19-Feb-2020)

- El crucero es la mejor incubadora posible. Está mostrando posibles modos alternativos de transmisión (Anthony Fauci 18-Feb-2020)

PERÍODO DE INCUBACIÓN

The incubation period of 2019-nCoV infections among travellers from Wuhan, China (MedRxiv 28-Jan-2020) Estimación del período de incubación de esta infección a partir de la historia de viaje y datos clínicos de 34 individuos: el período de incubación estimado es de 5.8 días (IC95% 4.6 – 7.9, 95%).
 
Transmission dynamics of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) (BioRxiv 26-Jan-2020). Estos investigadores estiman que la mediana de duración del período de incubación es 2.9 días.
 

CASE-FATALITY RATIO (CFR)


2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV): estimating the case fatality rate – a word of caution (Swiss Medical Wekekly 07-Feb-2020). El CFR se mantiene en el 2% pero esta es una cifra que por un lado está infraestimada (sólo se incluyen en el denominador los casos más graves) y por otro sobreestimada (seguramente existe un decalaje entre infección y muerte, que no se está teniendo en cuenta, y pueden existir problemas de capacidad diagnóstica). También existe una gran discrepancia entre lo que pasa en Wuhan y lo que pasa en el resto del mundo. Necesitamos más tiempo para poder responder mejor a estas cuestiones.
 
Severity of 2019-novel coronavirus (nCoV) (10-Feb-2010), Informe del centro para la modelización de enfermedades infecciosas del Imperial College London:



VIGILANCIA

- Active Monitoring of Persons Exposed to Patients with Confirmed COVID-19 — United States, January–February 2020 (MMWR 03-Mar-2020). Experiencia con la monitorización de 445 contactos de pacientes con COVID-19 en EE.UU. Se observó una tasa de ataque secundaria del 0.45% en general y de un 10% entre las personas que compartían el mismo hogar.

- ‘Speed is critical’: As coronavirus spreads in U.S., officials face daunting task of tracing case contacts (StatNews. 02-Mar-2020) Revisión de las dudas y dificultades a las que se enfrentan los epidemiólogos que deben realizar el estudio de contactos. De nuevo, la rapidez en el diagnóstico y la evaluación es crítico.

- Feasibility of controlling COVID-19 outbreaks by isolation of cases and contacts (The Lancet Global Health. 28-Feb-2020) Investigadores de la LSTMH consideran que las medidas intensivas de búsqueda de casos y trazabilidad de contactos pueden ser capaces de controlar brotes de COVID-19 si se es muy proactivo.

- Lessons learnt from 288 COVID-19 international cases: importations over time, effect of interventions, underdetection of imported cases (Preprint. Medrxiv. 23-Feb-2020). Desde una aproximación metodológica algo diferente (análsisis de focos de transmisión fuera de China) estos investigadores británicos llegan a la misma conclusión: 6 / 10 casos importados desde China pueden no haber sido detectados por los medios habituales.
 
Relative sensitivity of international surveillance (WHO Collaborating Centre for Infectious Disease Modelling/Imperial College London. 21-Feb-2020). Investigadores del Imperial College London estiman que las medidas de vigilancia sobre los viajeros no detectan entre el 63-73% de los casos exportados desde Wuhan.

- Looking for evidence of a high burden of COVID-19 in the United States from influenza-like illness data (Caitlin Rivers et al preprint at GitHub. 17-Feb-2020) Análisis preliminares de la red de vigilancia de gripe de EE.UU. no muestran signos de circulación de COVID-2019 en dicho país.

- CDC will have flu surveillance labs test for coronavirus (Axios. 14-Feb-2020). EE.UU. empieza a utilizar sus redes centinela de gripe para vigilar la posible circulación/transmisión local de SARS-CoV-2.
 
- Dutch GPs to test patients with flu symptoms for coronavirus (NLTimes. 14-Feb-2020). Holanda toma una medida similar a la indicada en el artículo anterior.

ANÁLISIS


Epidemiological research priorities for public health control of the ongoing global novel coronavirus (2019-nCoV) outbreak (Eurosurveillance. February 2020).

China Transmission dynamics (ProMED 26-Jan-2020). Análisis de David N Fishman, profesor de la Universidad de Toronto sobre la epidemiología de la infección. Reflexiones muy lúcidas sobre el cambiante R0 y la eficacia esperable de los esfuerzos de contención. Avisa también de los esperables eventos de superdiseminación en hospitales, que muy probablemente serán esporádicos.
 
A Hypothesis about nCoV2019: Thinking about Patient 1 and Patient 0 (Zebra Track 26-Jan-2020). Interesante análisis sobre el origen del brote, que el autor del post no relaciona con el mercado de marisco, sino que sitúa unas semanas antes dada la ausencia de relación del paciente #1 con dicha localización. Esta opinión parece estar alineada con el análisis del genoma de las cepas estudiadas.

REFLECTIONS ON IPC (Blog)

Reflections on IPC 2019-nCoV (Update v) (27-Jan-2020). Sobre las redes existentes para acelerar la investigación en situaciones de pandemia (PREPARE) y sobre algunos datos que sugieren que R0 parece estar disminuyendo con las medidas de control.
 
Reflections on IPC 2019-nCoV (Update iii). (25-Jan-2020) También por Marc Bonten, que enfría un poco el suflé. Nuevos datos sobre R0 que lo sitúan más bajo, en 2.6 (IC95 1.5-3.5). Lo más interesante las reflexiones sobre cuál debe ser el proceder “informativo” técnico-epidemiológico en situaciones de incertidumbre como estas. Y de la importancia de las medidas de prevención y control en función de este número.
 
Reflections on IPC 2019-nCov (ii) (24-Jan-2020) Reflexiones de Marc Bonten sobre las informaciones iniciales acerca del R0 del 2019-nCoV. Demasiado pronto para anticipar el número que todos los epidemiólogos desearían conocer. Tan interesante y preocupante como preliminar. Por lo menos el valor provisional de R0 de la infección por este 2019-nCoV sirce para saber que Holy Mother of God, no es una versión juramental de From Lost to the River, aunque lo parezca (Quod Salmantica non dat, Harvard non praestat)
 
Reflections on IPC 2019-nCoV (i) (24-Jan-2020) Presentación del problema por Jon Otter  en uno de nuestros blogs de cabecera.


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