La Junta Directiva es el órgano colegiado encargado de la representación, gobierno y administración de la SEIMC. Según los estatutos, está compuesta por un Presidente, un Vicepresidente, un Secretario, un Tesorero y ocho vocales, con un máximo de doce miembros en total.

La elección de sus integrantes se realiza por mitades cada dos años, en coordinación con la renovación de las Juntas Rectoras de las dos Secciones principales (Enfermedades Infecciosas, 6 miembros. y Microbiología Clínica, 6 miembros), asegurando así una representación equilibrada de ambas áreas. Además, la figura del Presidente y del Vicepresidente se alterna rotatoriamente.

Esta estructura ofrece estabilidad, renovación periódica, representatividad de ambas disciplinas esenciales y un equilibrio entre liderazgo y continuidad, permitiendo a la SEIMC mantenerse activa y adaptarse a los retos tanto en España como internacionalmente.